化學合成多肽中主要問題
消旋及其反應機理
多肽合(化學合成多肽)成過程中，部分氨基酸在活化的過程中會導致不同程度的消旋，特別容易消旋的氨基酸有：Cys，His，Phe，當然這些消旋化還和溶劑，溫度以及合成中的有機堿等因素有關。對于這些氨基酸，可以通過采用高效縮合試劑，減少反應時間，可以減少消旋的比例，一般條件選擇適當，消旋化都可以控制在5%以內。
二酮哌嗪（DKP）反應
DKP副反應出現在FMOC-Wang樹脂合成過程中，(化學合成多肽)主要出現在**個氨基酸為Pro的時候，當**個氨基酸脫FMOC的時候，α-氨基被游離出來之后，立即對Wang樹脂的芐酯鍵進行分子內胺解，生成六元環二酮哌嗪衍生物，同時從Wang樹脂上釋放出來，導致反應終止。該反應非常迅速，文獻報道采用50%Pip/DMF，脫1min，4min的條件，但是我們實驗證明在多數情況下，即使是1min左右反應就超過了20%。因此一般在末端**個氨基酸為Pro的時候，建議采用2-Cl-Trt樹脂合成，由于該樹脂巨大的空間阻力，可以完全消除該副反應。這個副反應在BOC策略合成過程中，卻可以完全避免，因為BOC在使用TFA脫除后，使氨基以TFA鹽的形式存在，從而失去了親核性，不能進攻芐酯鍵。
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